Elle s’organise autour de deux directions, appuyées par un service des affaires générales et de la performance, qui œuvrent de façon concomitante pour l’aménagement durable et la qualité de vie dans les territoires :

• la direction de l’habitat, de l’urbanisme et des paysages ;
• la direction de l’eau et de la biodiversité.

Elle rassemble plus de 590 agents et s’appuie sur environ 15 000 agents en service déconcentrés et sur une soixantaine d’opérateurs dans les différents domaines de son activité.